Bacteriile pot fi utile sau daunatoare. Din categoria celor utile as aminti bacteriile lactice, bacteriile acetice si bacteriile fixatoare de azot din aerul atmosferic. Bacteriile lactice au rol in industria laptelui fiind utilizate la obtinerea produselor lactate (iaurt, sana) si a branzeturilor, in industria produselor de panificatie si la conservarea legumelor prin murare. Bacteriile acetice sunt utilizate la obtinerea acidului acetic (otet)
Bacteriile daunatoare produc boli la plante si la oameni cauzand asa numitele bacterioze. Cele mai periculoase bacterii pentru om sunt cele care produc toxine care afecteaza sistemul nervos central putand duce si la deces (ex Clostridium botulinum este o bacterie ce produce botulism la oameni). La plante bacteriile produc pagube distrugand productia sau organele plantelor.
In natura, bacteriile saprofite au rol in degradarea materiei organice dar si a celei anorganice. In absenta lor, materia organica si anorganica s-ar acumula in mod continuu in si deasupra solului ducand la poluare.
Au rol important si in circuitul elementelor in natura (azot, carbon....). In circuitul azotului, bacteriile sunt principalele microorganisme care sunt implicate in cele patru etape ale acestuia, pornind de la fixare si pana la denitrificare.
